Le terme nigelle provient du latin nigella, qui veut dire "noirâtre", ou peut-être de niger qui veut dire "noir", en lien avec la couleur ébène des graines. Il est unanimement reconnu que la nigelle est une des graines médicinales les plus vénérées de l’histoire.
Il semble que les premiers à l'avoir consommée, comme condiment et comme remède, sont les Babyloniens. On a en effet trouvé dans les sources de Babylone, une épice nommée zibûm, qui a été identifiée comme étant la nigelle.
La nigelle est aussi connue depuis l’Égypte ancienne, où des traces de culture remontent au 14e siècle avant JC. Une des couronnes florales déposées sur la momie du roi Toutankhamon était constituée de nigella sativa, et il est avéré que Cléopâtre et Néfertiti s’en servaient régulièrement. Les Égyptiens savaient faire de l'huile de nigelle qui était employée par les pharaons pour ses vertus calmantes, régénérantes et revitalisantes.
On retrouve la graine de cumin noir chez les Grecs et les Romains, sous le nom de mélanthium. Hippocrate l'utilisait dans ses préparations médicinales, il en parle dans le tome 7, La nature de la femme. Pline l'Ancien indique que les graines de nigelle pilée et respirée guérissent les fluxions nasales et les maux de tête. Il en parle aussi comme un assaisonnement du pain. Il était courant de l'employer chez les Grecs, sous forme d'huile ou de suc, afin de se soigner.
La graine de cumin noir a une grande place dans le monde Musulman ou on la nomme habat al baraka (la graine bénie) ou habba sawda.
Abu Hurayra, célèbre rapporteur de traditions prophétiques, a rapporté que Mohammed, le prophète de l'Islam, a dit au 7e siècle : « soignez-vous avec la graine de nigelle, c’est un remède pour tous les maux à l’exception de la mort ». On retrouve ce récit dans les deux Sahîhs et dans la médecine prophétique du célèbre savant Ibn Qayyim al-Jawziyya.
Avicenne, le célèbre médecin persan du 10e siècle siècle, indique un très grand nombre d'usage du cumin noir dans son ouvrage "Le Livre de la Loi concernant la médecine".
En France, elle fait partie des plantes dont la culture est recommandée dans les domaines royaux par Charlemagne dans le capitulaire De Villis au début du 9e siècle.